10년 전, 과학의 손길이 닿지 않은 아름다운 섬 라비린토스에 원인 모를 대지진이 발생한다. 끔찍한 혼돈 속에, 테세우스는 자신의 인공지능 기술로 섬의 생존자들을 구하고, 보석과 같이 단단한 눈동자의 소녀 ‘페드라’를 만나 결혼을 하게 된다.

세계의 재앙으로 모든 사람이 절망에 빠진 2045년 현재, 바다 한가운데 작은 섬. 페드라는 ‘세계의 평화’의 상징으로 박제된 채 외로운 삶을 살아가고 있다. 테세우스는 인간과 99.9% 흡사한 완벽한 A.I. 히폴리투스를 인류를 구원할 유일한 존재라고 세상에 선보이고, 페드라는 히폴리투스와 함께 살게 된다.

그녀는 자신을 ‘어머니’라 부르는 히폴리투스의 존재를 회의적으로 바라보지만, 점차 그가 꿈꾸는 세상을 알게 되면서 그에게 묘한 감정의 변화를 느낀다.
한편, 테세우스를 보필하는 퇴역 군인이자 페드라의 삼촌 에피는 테세우스의 집에서 의문의 상자를 발견하고, 몰래 그 진실을 파헤치기 시작하는데…