큰 구렁이에게 쫓긴 왕자 타미노는 밤의 여왕의 시녀 세 사람에게 구출되어 여왕의 딸 파미나의 아름다운 화상을 보고 나쁜 수도자 자라스트로에게서 그녀를 구해 내려고 결심한다. 새장수 파파게노를 데리고 자라스트로에게로 가는데, 실은 자라스트로가 덕이 높은 인물이고 여왕이 악의 화신인 것을 알게 된다. 자라스트로가 내놓은 시련을 이겨낸 타미노는 파미나와 맺어진다. 파파게노도 파파게나라는 상대는 얻는다. 한편 밤의 여왕과 그 부하들은 복수를 하려고 찾아오지만, 천둥과 함께 지옥으로 떨어지고 막이 내린다.

Prologue
악마의 사주를 받아 밤의 여왕이 되어가는 엄마의 모습, 그런 엄마로부터 딸 파미나를 보호하기 위해 아버지는 천년 묵은 나무로부터 마술피리를 만들지만 악마에게 당해 오히려 떡갈나무에 갇히게 되자 친구인 자라스트로에게 딸을 부탁하고는 떡갈나무에 갇혀 버린다.

제1장
괴물에 쫓기던 왕자가 밤의 여왕의 시녀들 도움으로 위기를 모면하자 밤의 여왕이 나타나 나쁜 마법사 자라스트로에게 잡혀간 딸 파미나를 구해올 것을 청하며 마술피리를 건네며 파파게노를 동행 시킨다.

제2장
파파게노와 함께 천년 묵은 떡갈나무의 도움을 받으며 자라스트로의 사원에 도착한 타미노왕자는 자라스트로가 나쁜 마법사가 아님을 알게 되고 파미나공주를 만나 첫 눈에 사랑에 빠진다.

제3장
자라스트로는 밤의 여왕을 이기려면 영혼을 정화시켜야 한다면 타미노왕자와 파파게노를 시련의 방으로 보낸다. 그 사이 모노스타토스가 파미나공주에게 접근하려 하지만 오히려 자라스트로에게 호된 꾸지람을 듣고는 사원에서 쫓겨나 복수를 다짐함 밤의 여왕을 찾아간다.

제4장
모노스타토스의 배신으로 밤의 여왕에게 잡히는 사원의 식구들, 그때 세 가지의 힘든 시련을 마치고 나온 타미노왕자가 나타나 마숦리를 불자 찬란한 빛이 나타나 밤의 여왕을 영원히 가두어 버린다.

Epilogue
자라스트로의 안내로 천년 묵은 떡갈나무를 찾은 타미노왕자와 파미나공주가 마술피리를 불자 마른나무에서 잎들이 생겨나며 꽃과 나비들이 날아오고 나무에 갇혔던 아버지가 나온다. 그리고 타미노 왕자와 파미나 공주의 결혼식이 모두의 축복과 함께 성대하게 열린다.